罗氏 454 测序平台成功解读小麦基因组
英国研究人员于上周公布了首个小麦基因组序列. 其中, 研究人员利用罗氏 454 GS FLX 测序平台, 以 5 倍的基因组覆盖度对小麦基因组进行测序,并覆盖 95%的小麦已知基因. 该项目至今历时一年左右, 期间获得来自于英 国生物技术和生物科学研究学会为期两年约 170 万英镑(260 万美元)的项目资助. 在接下来的一年中, 研究人员计划对测序结果 做进一步分析,并对单核苷酸多态性(SNP)进行 验证. "我们不仅仅要拼接出完整的小麦基因组草 图, 而更重要的目标在于鉴别出不同小麦品种间多 态性, 尤其是与基因及特异基因组拷贝数有关的单 核苷酸多态性",利物浦大学功能及比较基因组学 教授及项目首席科学家 Neil Hall 说到. Hall 教授表示, 整个测序项目的完成是基于罗 氏 454 GS Titanium 测序试剂及仪器平台. 该平台 其能够实现稳定 400bp 以上的测序读长,其科研 小组在一些测序运行中还获得更高至 650bp 的测 序读长.长读长便意味着序列拼接的显著优势.同 时,Hall 教授表示,他们也完成了一部分转录组测 序,以帮助确定哪些编码区出现 SNP,并确定相 关基因表达. 小麦基因组测序工作非常具有难度及挑战. 之 所以选择罗氏 454 平台, Hall 教授认为, 因为小麦 基因组非常大约 16Gb,约为人基因组的 5 倍,是 目前测定过的最大的基因组之一. 且其具有许多重 复区域,是一个相当复杂的六倍体基因组.相比一 些短读长平台, 454 的长读长优势能够非常有效地 帮助确认某一 SNP 对于某一特定小麦品种是否具 有特异性,其是否是杂合或纯合. 点击索取 GS FLX 测序平台的最新技术资料 研究人员认为,对该小麦参考品种 Chinese Spring wheat 的序列解读, 将使他们能够更好地了 解小麦品系遗传差异引起的农业相关的表型性状, 如干旱,耐盐性及高产量. 该序列数据目前也已被上传到欧洲生物信息 研究所和美国国家生物技术信息中心的数据档案 中. 国际小麦基因组测序联盟委员和 BBSRC 基 在一份声明中强 因组分析中心主任 Jane Rogers, 调,小麦基因组草图数据的发布 "将成为科学家和 植物育种领域强有力的平台, 以进一步鉴定小麦品 种之间的遗传差异".(Monica Heger)
2011年1月11日第八十二期
第 40 页,共 52 页
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