分子生物学软件介绍
- 刘吉平讲师
- Bioscau@21cn.com
- www.scau.edu.cn/zhwxxx/index.htm
一、实验准备阶段
- 一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。较常使用软件：Reference Manager 9.0
- Reference Manager 9.0
可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。
资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。
2.
Endnote 3.1.2- 是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化.
二、 实验实施阶段
随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。
1、 综合软件Omiga
2.0- Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。
- 用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。
- 查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。
- 查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。