本课程以就业为导向，立足服务于发酵行业的生物发酵工岗位，按照该岗位的职业标准所需的职业岗位能力，来确定知识、能力和素质框架，构建课程体系和本课程理论教学和实践教学内容。在专业课程的教学中，我们将理论课与实验实训课相结合，循序渐进，逐步培养学生“手脑并用解决实际问题”的能力。在教学上我们特别的注重了引入任务驱动、项目导向等体现高职体色的教学方法。
在理论教学手段上，使用现代教育技术，将传统的课堂板书与先进的数字化教学手段有机结合起来，充分发挥计算机课件将图像、文字、声音、视频等多种信息融为一体的特殊功能，颇有成效的提高了课堂教学质量。
在整个课程的教学中，尤其突出在实验室实训室中教学做，如采用“教师讲解、演示——学生动手操作——实验室实训室讨论——教师点评、总结”的教学手段，重点在于实验室实训室讨论和教师的讲解，同时加大学生动手操作的时间分配，重点体现职业教育对岗位技能的培养，体现工学结合和教学做一体化。在完成课堂教学的同时理论与实验均可在网上进行学习与交流。
《微生物与发酵基础》课程做为主干专业课（职业技能课），把传统的专业基础课微生物学和专业课发酵工程有机的整合在一起，在专业的教学结构中具有承上启下的作用，是两个专业的专业平台课。本课程的先修专业基础课为《生物化学》、《化工原理》等，公共基础为《有机化学》、《无机化学》、《计算机文化基础》、《制图基础》等，后续专业课为《生物分离工程》、《制药工艺》、《食品工艺》等。本课程主要阐述现代生物工程之微生物基础内容与发酵工程的工艺原理部分内容。
该课程的教学目标是：根据社会需求和企业岗位实际，按照生物发酵工四级（中级）的职业标准，通过理论教学和实践教学，提高学生的职业素质（专业知识、岗位技能、职业能力），使学生较全面、深入的了解微生物的形态、特征、原料的预处理及培养基的制备、生物催化剂的制备、菌种选育、生物反应过程的条件选择、参数检测和控制、产品的分离与纯化等基本理论，掌握与发酵岗位相关的技能操作，并获得相应岗位的职业技能培训，取得相应岗位的职业技能等级证书，培养能够胜任发酵及其相关岗位的高素质技能型专门人才。
一、该课程的主要特色有：
1. 教学理念始终贯彻“以就业为导向，以岗位为依据，以技能为核心”的思想，以职业技能培养为宗旨，讲究“开放性、职业性、创新性”，紧密结合市场需求，为广阔的人才需求市场培养基础理论够用、专业技能扎实的具有创新精神的高素质技能型人才。
2. 教学内容理论以必需、够用为度，应用技术部分加大实验实训力度，重新整合后的《微生物与发酵基础》，内容和结构更加符合高职教育教学特点，理论教学内容少而精，深度适合高职层次的学生，密切与企业联合，结合岗位技能要求，培养社会需求人才。